黄喉拟水龟的体色变化以头部颜色的变化最快。在活动频繁的季节如改变黄喉拟水龟的
石龟栖息环境，也许只 需数周或更短的时间，黄喉拟水龟的头部颜色就会发生明显变化。人们还发现：在黄喉拟水龟的原始栖息地 ，栖息在同一处溪流的大约相同年龄段的黄喉拟水龟，它们四肢及甲壳的颜色基本相同。如 栖息在布满黒色鹅卵石的溪流中，黄喉拟水龟的壳色也会渐渐地变成黑色，看上去如同溪流中的一块鹅卵石 ，估计“石龟”的外号也是由此而生。
黄喉拟水龟的体色基本形成南深(色)北浅(色)的趋势。甲壳颜色；南种的大都偏棕黒色、北种棕灰色的较 为普遍。头色:由南至北的颜色也是由深向浅的走向:深绿、灰绿、浅绿、越往北越偏黄色。当然,同一地域的 种群也会有一些差异，这除了龟类遗传基因的因素外，和栖息地环境，食物及光照等等都 有很大的关系。
由于气候环境的关系，黄喉拟水龟的体形大致可分为两种；南部和北部的黄喉拟水龟体型较细小、分布中 部也就是亚热带地区的黄喉拟水龟体型较大。这是因为热带夏天高温炎热，而温带冬天寒冷，每年较长时间的夏眠 及冬眠都使生长速度放缓下来。而栖息于亚热带一带的黄喉拟水龟，由于生长周期比南北方的都长，所以个 体的体型都比较大。
黄喉拟水龟在长期进化过程中，因为底板都紧贴地面，不暴露给天敌，也就失去变色伪装的迫切性。龟类 底板色斑的变化是最小的，过程也最漫长。许多分布范围较狭窄的种群，底板的色斑基本是完全相同的。所 以鉴别底板斑纹也是人们区分龟类各种群的重要手段之一。南北种群的黄喉拟水龟底板斑纹差异在同种属的龟中算最 大的，这与黄喉拟水龟跨纬度远距离分布有很大关系。当然形成今天这种差异也是适应环境的需要，是黄喉拟水龟在 原栖息地经近百万年甚至更长的时间进化才演变成现貌的。
