黄沙鳖体略扁平，呈椭圆形（雌鳖略呈圆形），背腹有头、尾、四肢（可缩入硬甲内）以及骨质构成的硬甲。整个身体可分为头、颈、躯干、四肢和尾五大部分。
（1）头
黄沙鳖的头较粗大，前端稍扁呈三角形，中央凹，两侧稍微隆起。头的前端有尖而光滑的吻部，吻端长，呈管状，称为“吻突”。吻突长约等于眼径，是采食的主要器官。上颌稍长于下颌，两颌均无齿，被唇瓣状的皮肤皱褶和角质喙，角质喙边缘锋利，用以咬碎螺、蚌等坚硬食物。口大，口裂向后伸达眼后缘。有发达的肌肉质舌，但不能伸展，仅具吞咽的功能。眼小，呈圆形，位于头部上方两侧。眼睛上方有眼睑，下方有瞬膜，眼后有圆形鼓膜，视觉敏锐。
（2）颈
黄沙鳖的颈较长，能伸缩，伸出后能前后左右摆动。头和颈长可达鳖甲的2/3～3/4，头伸出折向后方时，吻尖可达后肢部。
（3）躯干
黄沙鳖的躯干有背、腹两块甲板。背甲呈卵圆形、扁平，中央有凹沟，两侧稍隆起，两边有8个锯齿状突起。腹甲小于背甲，表面光洁平坦。背甲与腹甲之间由韧带组织相连接。躯体周边（背甲边缘）有一条比较宽厚的胶质裙边，有潜伏于泥沙和改变游动方向的辅助作用。
（4）四肢
黄沙鳖的四肢粗短，每肢有五趾，内侧三趾有锐利如钩的爪，这与鳖在陆地上爬行、攀登和挖洞相适应。趾间有蹼，这是利于在水中游泳的特殊构造。
（5）尾部
黄沙鳖的尾呈锥形，泄殖孔开口于尾部，纵裂形，呈星状孔。雌鳖尾部与裙边持平或不露出裙边，据此可以鉴别雌雄。
（6）体色
黄沙鳖幼小时背甲呈灰褐色，有6对对称的黑色斑点；腹部呈浅黄色微带红色，有5对对称的斑点，可作为识别黄沙鳖的标志。进入成年后，其体色与环境颜色相适应，体色呈黄绿色或黄褐色，背甲及腹部斑点随着年龄增长而逐渐消退。从外观看，黄沙鳖的颜色比其他中华鳖（台湾鳖、湖南鳖）的灰褐色或灰绿色更受人们青睐。
