（1）骨骼系统
黄沙鳖的骨骼系统由背甲板、腹甲板、脊柱、头骨、肩带骨、前肢骨、腰带骨及后肢骨等部分组成。
背甲板前端有1块较宽的颈板，后接8节狭长而呈矩形的椎骨，其两侧各有8块肋骨，整个背甲共有25块小骨板以锯齿状骨缝缀合而成。腹甲骨共9块（包括上腹甲骨、中腹甲骨、下腹甲骨）。剑腹板1对，内腹板1块，中下腹板前后紧密连接成对，对与块均靠胶膜凝结。
（2）消化系统
黄沙鳖的消化系统分为消化道和消化腺两大部分。消化道包括口、口腔、咽喉、食道、胃、小肠、大肠、直肠、泄殖腔和泄殖孔等部分。消化腺由发达的肝脏、胆囊、胰脏、脾脏及肠腺等部分组成。
（3）肌肉系统
黄沙鳖的肌肉分为体肌和脏肌两部分。体肌具有一定形状的肌肉块，多数与背甲、腹甲相连接，四肢肌肉发达。
（4）呼吸系统
黄沙鳖是用肺呼吸的水陆两栖爬行动物，整个呼吸系统由呼吸道和肺组成。空气从外鼻孔、鼻腔、内鼻孔、喉头经气管到达肺部。肺部是一对浅黑色的薄膜囊，紧贴在背甲的内侧。此外，在鳖的咽壁有许多颗粒状突起，粘膜富有微血管，有辅助呼吸的作用。
（5）循环系统
黄沙鳖有静脉囊、二心耳、一心室。心室间有膈膜，但进化不完善，未能把心室彻底分隔为左右两个心室，动脉血和静脉血不能完全分开。肺动脉弧由心室右侧发出，分成左右肺动脉入肺。右大动脉弧由心室膈膜左侧发出，左大动脉弧由心室的中间偏右发出，左右大动脉最后相连成背大动脉，把血液输往各内脏器官。
（6）排泄系统
黄沙鳖的排泄系统和一般中华鳖一样，由肾脏、输尿管、膀胱和排泄口组成。左右肾脏各有一条输尿管，开口于泄殖腔的尿道背壁，尿道的腹壁有膀胱。
（7）生殖系统
① 雌鳖生殖系统由卵巢、输卵管、泄殖腔和泄殖孔等部分组成。卵巢由系膜牵附于体腔背壁的腹膜上，其内常有数十个乃至百余个不同发育阶段的黄色卵子。输卵管长而大，其前端呈喇叭形，开口于体腔前端；中段细而窄，分泌蛋白以包围卵子；后端扩大为子宫，有卵壳腺分泌纤维质的卵壳膜和钙质的卵壳来保护卵子；输卵管最后开口于泄殖腔的尿道背壁。
② 雄鳖生殖系统由精巢、输精管、泄殖腔、泄殖孔和交配器等部分组成。精巢左右排列在肾脏内侧，是圆形的白色囊状体。输精管是由中肾管演变而来的，其后端与输尿管紧密并行，并开口于泄殖腔尿道的背壁。交配器为海绵体、肌肉纤维和血管丛的实体，背侧有沟，精液通过此沟输送到雌体泄殖腔内。
（8）感觉器官和神经系统
黄沙鳖的大脑半球发达，在大脑的前端为嗅叶，延长至鼻腔，中脑及小脑亦较发达。感觉器官有鼻、眼及内耳。嗅觉及触觉较发达，听觉敏锐。
